Na rynku NewConnect obowiązują dwa systemy notowań (kierowany zleceniami i kierowany cenami), co odróżnia ten rynek od Głównego Rynku GPW.
Pierwszy z nich – kierowany zleceniami – jest analogiczny do systemu funkcjonującego na głównym rynku GPW. Daje on możliwość wyboru między notowaniami ciągłymi a notowaniami w systemie jednolitym z dwoma fixingami. Działa w nim także animator rynku (obowiązkowo – inaczej niż na rynku regulowanym), którego rolą jest animowanie obrotu, czyli dbanie o zachowanie płynności akcji danego emitenta. W przeciwieństwie do zasad obowiązujących na rynku regulowanym, na NewConnect nie występuje jednak możliwość zawierania transakcji redystrybucyjnych. Różnice dotyczą również ograniczeń wahań kursów, zasad stosowania zapytań o cenę czy kroku notowań.
Drugi system – kierowany cenami – charakteryzuje się tym, że jego uczestnicy nie zawierają transakcji bezpośrednio między sobą, ale poprzez market makera, który jest stroną każdej transakcji. Jego zadanie polega na kwotowaniu, czyli wystawianiu ofert kupna-sprzedaży. W porównaniu do systemu kierowanego zleceniami, sesja giełdowa dla instrumentów notowanych w systemie kierowanym cenami jest także krótsza, a notowania odbywają się wyłącznie w systemie notowań ciągłych.
Decyzję o wyborze rynku podejmuje spółka, często po konsultacjach z Autoryzowanym Doradcą. Zmiana rynku na którym notowane są instrumenty finansowe następuje natomiast, na wniosek emitenta, w drodze decyzji podejmowanej przez Organizatora Alternatywnego Systemu Obrotu (GPW).
